1940-1942

Nadat de Joodse vluchtelingen waren teruggekeerd in het kamp in Westerbork, werden de richtlijnen strenger. Het in- en uitlopen was voorbij. Met bordjes werden de grenzen aangegeven. De discipline werd aangehaald. Het ministerie van Justitie nam het beheer van het kamp over van Binnenlandse Zaken. Onder leiding van de nieuwe commandant  J. Schol werd de bewaking serieus aangepakt. In plaats van een paar rijksveldwachters hield een detachement van vijftien marechaussees nu toezicht.

’s Morgens en 's middags werd er appèl gehouden, de briefcensuur werd verscherpt en fietsen  verboden.

Hier stond tegenover dat er serieus werk van het onderwijs werd gemaakt. De kinderen moesten tot hun negentiende en later tot hun veertiende naar school. Er kwamen zogeheten dienstgroepen voor allerlei werkzaamheden en elke barak kreeg een eigen barakleider. Dat waren maatregelen die pasten in een verdergaande militarisering van het kamp, dat hermetisch van de buitenwereld werd afgesloten. Commandant Schol legde de basis voor een kamporganisatie die door de Duitsers werd overgenomen. De anti-Duitse commandant Schol dacht dat een perfecte organisatie de beste remedie was om de Duitsers buiten de deur te houden. En hoewel Schol zijn regime verscherpte, trad hij niet onmenselijk op. Dat zinde sommige Duitse autoriteiten niet: 'Ik heb de indruk dat de Joden hier veel te humaan behandeld worden en dat, door de houding van de kampcommandant, de Joden zich hier zeer op hun gemak voelen. (...) Het zou vóór alles noodzakelijk zijn, hier een andere kampcommandant aan te stellen.'

Toen de nazi’s begin 1942 tot systematische uitroeiing van de Joden hadden besloten, had dat gevolgen voor het kamp. Het kamp werd uitgebreid met een groot aantal barakken en kleinere gebouwen. Op 1 juli werd het kamp aangewezen als Polizeiliches Judendurchgangslager. Hoewel commandant Schol tot januari 1943 aanbleef, nam de bevelhebber van de Sicherheitspolizei (SD) de taak van de Nederlandse kampleiding over.